Dass Inhalte einer SDCard in den Einstellungen nicht gesichert werden ist klar? Das ist ja ein Speicher (wie die Festplatte), der beim Flashen nicht geändert wird. Daher muß das auch nicht gesichert werden.
Dass der Datenwust nach dem Flashen nicht zur Verrfügung steht bzw. bewertet wird, liegt daran, dass der Speicherort nicht so gemountet war, dass er nach dem Flashen wieder genauso gemountet bereitsteht. Entweder Wiederherstellungsreihenfolge (EPG-Daten, dann Mount, oder Mount, dann EPG-DAten...) ist da entscheidend für Funktionalität.
Den PiconsUpdater halte ich für unkritisch bei Wiederherstellungen, da der selbst keine Daten aktiv mitschleppt oder ohne Aufruf erzeugt...